RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000295718.6

PTPRN-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRN, Length 3,784 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-201ENST00000295718 LARP1Q6PKG0 1096 aaKnown RBP17.04■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 CHST3Q7LGC8 479 aa17.04■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 SH2B1Q9NRF2 756 aaPredicted RBP17.04■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 SGSM2O43147 1006 aa17.04■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 SYNE3Q6ZMZ3 975 aa17.04■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 HDAC5Q9UQL6 1122 aa17.04■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 CLTCL1P53675 1640 aa17.04■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 EDC3Q96F86 508 aaKnown RBP17.04■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 EYA1Q99502 592 aa17.04■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 BRF1Q92994 677 aa17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 ZNF853P0CG23 659 aa17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 HSPA4P34932 840 aa17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 TAF7LQ5H9L4 462 aa17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 CBX8Q9HC52 389 aa17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 MADDQ8WXG6 1647 aa17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 TRPM2O94759 1503 aa17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 TTC21BQ7Z4L5 1316 aa17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 NMIQ13287 307 aaPredicted RBP17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 BBXQ8WY36 941 aaPredicted RBP17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 PUS7Q96PZ0 661 aaKnown RBP17.03■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 SOS1Q07889 1333 aaPredicted RBP17.02■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 PES1O00541 588 aaKnown RBP17.02■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 POLR3DP05423 398 aaPredicted RBP17.02■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 MAP3K2Q9Y2U5 619 aa17.02■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 ME3Q16798 604 aa17.02■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 TTC6Q86TZ1 520 aa17.02■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 IL25Q9H293 177 aa17.02■□□□□ 0.32
PTPRN-201ENST00000295718 DDX58O95786 925 aaKnown RBP17.02■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 USP44Q9H0E7 712 aa17.02■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 MAP3K19Q56UN5 1328 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 JAK2O60674 1132 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 SERPINC1P01008 464 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CEP57L1Q8IYX8 460 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 FSIP1Q8NA03 581 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 ABCC1P33527 1531 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 VGLL3A8MV65 326 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CCAR1Q8IX12 1150 aaKnown RBP17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 KIF18AQ8NI77 898 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 URI1O94763 535 aaPredicted RBP17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 GTF2F1P35269 517 aaKnown RBP eCLIP17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CREB3L3Q68CJ9 461 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 TMC6Q7Z403 805 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 ZSWIM4Q9H7M6 989 aa17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 PSME1Q06323 249 aa17■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CUL4AQ13619 759 aa17■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 ANKRD1Q15327 319 aa17■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 DDX46Q7L014 1031 aaKnown RBP17■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 NAT10Q9H0A0 1025 aaKnown RBP17■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 MTMR6Q9Y217 621 aa17■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CFAP45Q9UL16 551 aa17■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CLEC17AQ6ZS10 378 aa17■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 DDX19AQ9NUU7 478 aaKnown RBP17■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 RAD50Q92878 1312 aa16.99■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 ATP7AQ04656 1500 aa16.99■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP16.99■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 AOPEPQ8N6M6 819 aa16.99■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 GTF3C6Q969F1 213 aa16.99■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 BRPF1P55201 1214 aaPredicted RBP16.99■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CCDC129Q6ZRS4 1044 aa16.99■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 IQGAP3Q86VI3 1631 aa16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CCDC66A2RUB6 948 aa16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 HAND2P61296 217 aa16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 PREX2Q70Z35 1606 aa16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 FKBP4Q02790 459 aaKnown RBP eCLIP16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CCDC69A6NI79 296 aa16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 TULP1O00294 542 aaPredicted RBP16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 NR1I2O75469 434 aa16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 SFPQP23246 707 aaKnown RBP eCLIP16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 ERC1Q8IUD2 1116 aa16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 OSCARQ8IYS5 282 aa16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 UBXN4Q92575 508 aa16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 ARID5BQ14865 1188 aa16.97■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CFAP100Q494V2 611 aa16.97■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CHMP4AQ9BY43 222 aa16.97■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 ELF2Q15723 593 aa16.97■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 KIAA1524Q8TCG1 905 aa16.97■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 EVI5LQ96CN4 794 aa16.97■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 ARGLU1Q9NWB6 273 aaPredicted RBP16.97■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa16.97■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 TEX35Q5T0J7 233 aa16.97■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 TPCN1Q9ULQ1 816 aa16.97■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 IQSEC2Q5JU85 1478 aa16.96■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 ASXL2Q76L83 1435 aa16.96■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 ATP5J2-PTCD1G3V325 749 aa16.96■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 HIP1O00291 1037 aa16.96■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 PTCD1O75127 700 aaKnown RBP16.96■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 Q6ZUG5 572 aa16.96■□□□□ 0.31
PTPRN-201ENST00000295718 OTUD7BQ6GQQ9 843 aa16.96■□□□□ 0.3
PTPRN-201ENST00000295718 NLRP2Q9NX02 1062 aa16.96■□□□□ 0.3
PTPRN-201ENST00000295718 ERCC6L2Q5T890 1561 aa16.95■□□□□ 0.3
PTPRN-201ENST00000295718 ZFYVE9O95405 1425 aa16.95■□□□□ 0.3
PTPRN-201ENST00000295718 KCNQ3O43525 872 aa16.95■□□□□ 0.3
PTPRN-201ENST00000295718 LMOD1P29536 600 aaPredicted RBP16.95■□□□□ 0.3
PTPRN-201ENST00000295718 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP16.95■□□□□ 0.3
PTPRN-201ENST00000295718 RALYLQ86SE5 291 aaKnown RBP16.95■□□□□ 0.3
PTPRN-201ENST00000295718 ZNF396Q96N95 335 aaPredicted RBP16.95■□□□□ 0.3
PTPRN-201ENST00000295718 SNRKQ9NRH2 765 aa16.95■□□□□ 0.3
PTPRN-201ENST00000295718 MYO5CQ9NQX4 1742 aa16.95■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.4 ms