RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478423.6

NPHP4-208, Transcript of nephrocystin 4, human

TSL 2

Gene NPHP4, Length 4,467 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NPHP4-208	ENST00000478423	TRIM3	O75382	744 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	C1orf105	O95561	183 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	LDOC1	O95751	146 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CEL	P19835	753 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	MRPL58	Q14197	206 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SGCB	Q16585	318 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF800	Q2TB10	664 aa	Predicted RBP eCLIP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	LCTL	Q6UWM7	567 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ZSWIM9	Q86XI8	627 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	OR2AJ1	Q8NGZ0	328 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	NKD1	Q969G9	470 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CIDEC	Q96AQ7	238 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	LMAN1L	Q9HAT1	526 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	C14orf105	Q9NVL8	296 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SPATA6	Q9NWH7	488 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SMIM30	A4D0T7	59 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	DCT	P40126	519 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	GCGR	P47871	477 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CRISP1	P54107	249 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC36A4	Q6YBV0	504 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF554	Q86TJ5	538 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	THAP3	Q8WTV1	239 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	RLN3	Q8WXF3	142 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SLAMF8	Q9P0V8	285 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	C19orf25	Q9UFG5	118 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ENPP4	Q9Y6X5	453 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	LSM1	O15116	133 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	DENR	O43583	198 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CDRT1	O95170	752 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	IGLV3-25	P01717	112 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	MT-ND2	P03891	347 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	GM2A	P17900	193 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ARNT	P27540	789 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ARHGAP19	Q14CB8	494 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	IRF4	Q15306	451 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	MEDAG	Q5VYS4	303 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	BTN2A1	Q7KYR7	527 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	OR52E1	Q8NGJ3	308 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	GNPDA2	Q8TDQ7	276 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CXXC1	Q9P0U4	656 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SARDH	Q9UL12	918 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	PROM1	O43490	865 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	MITF	O75030	526 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	MYOG	P15173	224 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	EDNRA	P25101	427 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF404	Q494X3	552 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ADGRG5	Q8IZF4	528 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	LNX2	Q8N448	690 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	OR4K5	Q8NGD3	323 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	C1QTNF1	Q9BXJ1	281 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ASPN	Q9BXN1	380 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ERVK-18	Q9QC07	812 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SEC16A	O15027	2179 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ANTXRL	A6NF34	631 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	GABRR3	A8MPY1	467 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SOX1	O00570	391 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CERS1	P27544	350 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	HLCS	P50747	726 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	RAB25	P57735	213 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	DSG2	Q14126	1118 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	RAB39A	Q14964	217 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	MFSD6L	Q8IWD5	586 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC5A8	Q8N695	610 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	FRS2	Q8WU20	508 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	DAZL	Q92904	295 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	G6PC3	Q9BUM1	346 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	C2orf92	A0A1B0GVN3	265 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CACNG3	O60359	315 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	PROS1	P07225	676 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	HEXB	P07686	556 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CKMT1A	P12532	417 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	TACR1	P25103	407 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	TUBA1B	P68363	451 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CDKL1	Q00532	357 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CSTF1	Q05048	431 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	TUBA1A	Q71U36	451 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	RETREG3	Q86VR2	466 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	OR2T33	Q8NG76	320 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ZDHHC1	Q8WTX9	485 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	THEM6	Q8WUY1	208 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ISOC1	Q96CN7	298 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	BARD1	Q99728	777 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SUSD2	Q9UGT4	822 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	BTNL2	Q9UIR0	455 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	DNMT3A	Q9Y6K1	912 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	GRXCR2	A6NFK2	248 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	ARL6IP5	O75915	188 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	HK1	P19367	917 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	MAP3K8	P41279	467 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	MAP2K4	P45985	399 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	GRM7	Q14831	915 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	RUNDC3A	Q59EK9	446 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	SBSN	Q6UWP8	590 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	C1orf216	Q8TAB5	229 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	GTF2H4	Q92759	462 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	TM9SF2	Q99805	663 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	TTTY10	Q9BZA0	68 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	CNOT11	Q9UKZ1	510 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	TBX21	Q9UL17	535 aa		13.53	□□□□□ -0.24
NPHP4-208	ENST00000478423	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		13.52	□□□□□ -0.24

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