RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000618056.4

PMS1-220, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, human

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 1,468 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PMS1-220	ENST00000618056	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	32.81	■■■□□ 2.84
PMS1-220	ENST00000618056	ANP32C	O43423	234 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PMS1-220	ENST00000618056	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PMS1-220	ENST00000618056	GYS1	P13807	737 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PMS1-220	ENST00000618056	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PMS1-220	ENST00000618056	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	32.8	■■■□□ 2.84
PMS1-220	ENST00000618056	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	32.78	■■■□□ 2.84
PMS1-220	ENST00000618056	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	32.78	■■■□□ 2.84
PMS1-220	ENST00000618056	COL15A1	P39059	1388 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PMS1-220	ENST00000618056	UTRN	P46939	3433 aa		32.76	■■■□□ 2.84
PMS1-220	ENST00000618056	SNRPA1	P09661	255 aa	Known RBP	32.75	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	KLHL34	Q8N239	644 aa		32.75	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		32.75	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	CCDC184	Q52MB2	194 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	MMP10	P09238	476 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	NARF	Q9UHQ1	456 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	USP16	Q9Y5T5	823 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	ZPR1	O75312	459 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	32.7	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	NEUROD2	Q15784	382 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PMS1-220	ENST00000618056	PRAMEF22	A3QJZ6	481 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	NLGN2	Q8NFZ4	835 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056		A0A087WZG4	1122 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	A1BG	P04217	495 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	FKBP8	Q14318	412 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	32.67	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	SCN7A	Q01118	1682 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	MRS2	Q9HD23	443 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	32.64	■■■□□ 2.82
PMS1-220	ENST00000618056	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		32.63	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	APAF1	O14727	1248 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	TM4SF1	P30408	202 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	AFDN	P55196	1824 aa	Known RBP	32.6	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	DDR1	Q08345	913 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	32.6	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	32.6	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	CHL1	O00533	1208 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	CHD4	Q14839	1912 aa		32.58	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		32.58	■■■□□ 2.81
PMS1-220	ENST00000618056	NBPF26	B4DH59	902 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	POLRMT	O00411	1230 aa	Known RBP	32.57	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	NBPF10	Q6P3W6	841 aa	Known RBP	32.57	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	NBPF15	Q8N660	670 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	TBC1D2B	Q9UPU7	963 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	32.56	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	NFIX	Q14938	502 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	GPR162	Q16538	588 aa		32.54	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	32.54	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	DZIP3	Q86Y13	1208 aa	Known RBP	32.54	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	CAMTA2	O94983	1202 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	TGFB2	P61812	414 aa		32.52	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	CFAP44	Q96MT7	982 aa		32.52	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		32.52	■■■□□ 2.8
PMS1-220	ENST00000618056	ERBB4	Q15303	1308 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	32.51	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	RGL2	O15211	777 aa		32.49	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	32.49	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	32.49	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	ZNF853	P0CG23	659 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	32.48	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	32.48	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	SERPINB2	P05120	415 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	CCDC27	Q2M243	656 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	32.46	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	IFT57	Q9NWB7	429 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PMS1-220	ENST00000618056	NUP98	P52948	1817 aa		32.45	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	GRIN3B	O60391	1043 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	GNAI1	P63096	354 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	MBIP	Q9NS73	344 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056		A0A0G2JLW4	131 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	HOXB7	P09629	217 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	MYL6B	P14649	208 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	DPEP1	P16444	411 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	32.41	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	KRT24	Q2M2I5	525 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	SETDB2	Q96T68	719 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	PDIA6	Q15084	440 aa		32.4	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	ANKRD31	Q8N7Z5	1873 aa		32.39	■■■□□ 2.78
PMS1-220	ENST00000618056	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		32.39	■■■□□ 2.78

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