RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550996.1

CS-222, Transcript of citrate synthase, human

TSL 2

Gene CS, Length 718 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-222	ENST00000550996	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	PRAMEF22	A3QJZ6	481 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	STARD3NL	O95772	234 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	FKBP8	Q14318	412 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	27.62	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	COL15A1	P39059	1388 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	27.61	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	27.59	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	27.59	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	27.59	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	A1BG	P04217	495 aa		27.58	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	27.58	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		27.58	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	USP16	Q9Y5T5	823 aa		27.58	■■■□□ 2.01
CS-222	ENST00000550996	RIPK4	P57078	832 aa		27.57	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	DDR1	Q08345	913 aa		27.57	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		27.57	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	27.57	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	CCDC184	Q52MB2	194 aa		27.56	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	NARF	Q9UHQ1	456 aa		27.56	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	ZPR1	O75312	459 aa		27.54	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	SNRPA1	P09661	255 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	27.54	■■■□□ 2	5e-10	■□□□□ 9.3
CS-222	ENST00000550996	GPR162	Q16538	588 aa		27.54	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		27.54	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	RUNDC1	Q96C34	613 aa		27.54	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	27.53	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	TM4SF1	P30408	202 aa		27.52	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		27.52	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		27.52	■■■□□ 2
CS-222	ENST00000550996	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	27.51	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	27.51	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	POLRMT	O00411	1230 aa	Known RBP	27.5	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	27.5	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	NEUROD2	Q15784	382 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	27.5	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	NFIX	Q14938	502 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	NBPF26	B4DH59	902 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	YY1	P25490	414 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	NBPF10	Q6P3W6	841 aa	Known RBP	27.48	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	NBPF15	Q8N660	670 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	TBC1D2B	Q9UPU7	963 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996		A0A087WZG4	1122 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	27.47	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		27.46	■■□□□ 1.99
CS-222	ENST00000550996	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		27.45	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	CAMTA2	O94983	1202 aa		27.44	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	SCN7A	Q01118	1682 aa		27.43	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996		A0A0G2JLW4	131 aa		27.43	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	TGFB2	P61812	414 aa		27.42	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		27.42	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	APAF1	O14727	1248 aa		27.41	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	DPEP1	P16444	411 aa		27.41	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	DZIP3	Q86Y13	1208 aa	Known RBP	27.41	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	ANP32C	O43423	234 aa		27.4	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		27.4	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		27.4	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	KCNA3	P22001	575 aa		27.39	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		27.39	■■□□□ 1.98
CS-222	ENST00000550996	CHL1	O00533	1208 aa		27.38	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	GRIN3B	O60391	1043 aa		27.38	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	SERPINB2	P05120	415 aa		27.38	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	27.37	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		27.37	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		27.36	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		27.35	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	AFDN	P55196	1824 aa	Known RBP	27.35	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	KRT24	Q2M2I5	525 aa		27.35	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	27.35	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	CHRNA5	P30532	468 aa		27.34	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	MRS2	Q9HD23	443 aa		27.34	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	27.33	■■□□□ 1.97
CS-222	ENST00000550996	CHD4	Q14839	1912 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	NGEF	Q8N5V2	710 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	BCS1L	Q9Y276	419 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	PDIA6	Q15084	440 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	HLF	Q16534	295 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	TTLL7	Q6ZT98	887 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	ZNF853	P0CG23	659 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	MYL6B	P14649	208 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	PROSER3	Q2NL68	480 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	CFAP44	Q96MT7	982 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	SETDB2	Q96T68	719 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	27.28	■■□□□ 1.96
CS-222	ENST00000550996	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	27.28	■■□□□ 1.96

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