RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 RPL17-C18orf32A0A0A6YYL6 228 aaKnown RBP25.15■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 ATP6V1AP38606 617 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 LINC00116Q8NCU8 138 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 ATG3Q9NT62 314 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 VIRMAQ69YN4 1812 aaKnown RBP25.15■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 KDRP35968 1356 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP25.13■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 CICQ96RK0 1608 aaPredicted RBP25.12■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 PHF14O94880 888 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 ITPK1Q13572 414 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 ZNF530Q6P9A1 599 aaPredicted RBP25.12■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 AMIGO3Q86WK7 504 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 KDM6AO15550 1401 aaPredicted RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 AMER1Q5JTC6 1135 aaPredicted RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 KIF13BQ9NQT8 1826 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 GNPATO15228 680 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 KIF7Q2M1P5 1343 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 C1orf141Q5JVX7 400 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 MYH14Q7Z406 1995 aaKnown RBP25.09■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 IL13P35225 146 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-241ENST00000635861 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP25.07■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 MTHFSP49914 203 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 CABP4P57796 275 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 RC3H1Q5TC82 1133 aaKnown RBP25.07■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 SULT6B1Q6IMI4 303 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 CNTNAP4Q9C0A0 1308 aa25.06■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 ADRA2BP18089 450 aa25.06■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 AEBP1Q8IUX7 1158 aa25.06■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 RTCBQ9Y3I0 505 aaKnown RBP25.05■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 C4AP0C0L4 1744 aa25.05■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 RBM42Q9BTD8 480 aaKnown RBP25.04■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 TRAPPC3LQ5T215 181 aa25.03■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 SLC4A9Q96Q91 983 aa25.03■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 TJP1Q07157 1748 aa25.02■■□□□ 1.6
CLN3-241ENST00000635861 PER1O15534 1290 aaPredicted RBP25.01■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 AKAP4Q5JQC9 854 aa25.01■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 SMIM5Q71RC9 77 aa25.01■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 NLGN1Q8N2Q7 840 aa25.01■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 NPC1L1Q9UHC9 1359 aa25.01■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 ADAMTS7Q9UKP4 1686 aa25■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 KIAA1551Q9HCM1 1747 aa24.99■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 RPS6KA4O75676 772 aa24.99■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 MRC1P22897 1456 aa24.98■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 NFATC2IPQ8NCF5 419 aa24.98■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 MMP10P09238 476 aa24.96■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 C1QTNF8P60827 252 aa24.96■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 BRCA1P38398 1863 aaKnown RBP24.96■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 N4BP2Q86UW6 1770 aaPredicted RBP24.96■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 ARHGEF1Q92888 912 aaKnown RBP24.95■■□□□ 1.59
CLN3-241ENST00000635861 GIGYF1O75420 1035 aaPredicted RBP24.95■■□□□ 1.58
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CLN3-241ENST00000635861 DIAPH1O60610 1272 aaKnown RBP24.94■■□□□ 1.58
CLN3-241ENST00000635861 C10orf71Q711Q0 1435 aa24.93■■□□□ 1.58
CLN3-241ENST00000635861 PTCD1O75127 700 aaKnown RBP24.93■■□□□ 1.58
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CLN3-241ENST00000635861 SLC52A2Q9HAB3 445 aa24.93■■□□□ 1.58
CLN3-241ENST00000635861 GYS1P13807 737 aa24.92■■□□□ 1.58
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CLN3-241ENST00000635861 UBR2Q8IWV8 1755 aa24.92■■□□□ 1.58
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CLN3-241ENST00000635861 ADCY9O60503 1353 aa24.91■■□□□ 1.58
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CLN3-241ENST00000635861 CCDC87Q9NVE4 849 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-241ENST00000635861 ATP10DQ9P241 1426 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-241ENST00000635861 COL3A1P02461 1466 aaPredicted RBP24.9■■□□□ 1.58
CLN3-241ENST00000635861 HMOX1P09601 288 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-241ENST00000635861 RNMTO43148 476 aaKnown RBP24.88■■□□□ 1.57
CLN3-241ENST00000635861 PARP3Q9Y6F1 533 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-241ENST00000635861 KCPQ6ZWJ8 1503 aa24.87■■□□□ 1.57
CLN3-241ENST00000635861 USP42Q9H9J4 1324 aaKnown RBP24.86■■□□□ 1.57
CLN3-241ENST00000635861 LGR6Q9HBX8 967 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-241ENST00000635861 SIPA1L3O60292 1781 aaPredicted RBP24.86■■□□□ 1.57
CLN3-241ENST00000635861 MTHFSDQ2M296 383 aaKnown RBP24.86■■□□□ 1.57
CLN3-241ENST00000635861 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-241ENST00000635861 VSIG10Q8N0Z9 540 aa24.84■■□□□ 1.57
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CLN3-241ENST00000635861 GPBP1L1Q9HC44 474 aaPredicted RBP24.82■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 AFDNP55196 1824 aaKnown RBP24.81■■□□□ 1.56
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CLN3-241ENST00000635861 GAS2L2Q8NHY3 880 aa24.8■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 SOS1Q07889 1333 aaPredicted RBP24.8■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 CYP19A1P11511 503 aaPredicted RBP24.79■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 NRXN2Q9P2S2 1712 aa24.79■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 A0A0G2JLW4 131 aa24.78■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 ZPR1O75312 459 aa24.78■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 FKBP8Q14318 412 aa24.78■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 SRP68Q9UHB9 627 aaKnown RBP24.78■■□□□ 1.56
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CLN3-241ENST00000635861 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP24.78■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 SLC39A6Q13433 755 aa24.78■■□□□ 1.56
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CLN3-241ENST00000635861 GNAT3A8MTJ3 354 aa24.77■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 DPEP1P16444 411 aa24.77■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 CFAP53Q96M91 514 aa24.77■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 COL15A1P39059 1388 aa24.77■■□□□ 1.56
CLN3-241ENST00000635861 CEP350Q5VT06 3117 aa24.76■■□□□ 1.55
CLN3-241ENST00000635861 TTC5Q8N0Z6 440 aa24.76■■□□□ 1.55
CLN3-241ENST00000635861 NARFQ9UHQ1 456 aa24.76■■□□□ 1.55
CLN3-241ENST00000635861 DLEC1Q9Y238 1755 aa24.75■■□□□ 1.55
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