Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms