Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
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