Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
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