Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms