Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms