Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.8 ms