Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN9AQ15858 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms