Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms