Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
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