Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP4Q13107 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP4Q13107 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
USP4Q13107 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
USP4Q13107 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
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USP4Q13107 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
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USP4Q13107 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
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