Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
COL6A1P12109 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.9 ms