Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms