Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 DAZ4-201ENST00000382296 2048 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 SNORA72-201ENST00000384339 132 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 ATP5A1P2-201ENST00000412323 255 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC068295.1-201ENST00000413056 153 ntTSL 3 BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 GPC5-AS1-201ENST00000419288 393 ntTSL 3 BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RPL23AP83-201ENST00000434984 473 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 PDE1A-205ENST00000435564 4885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RPS27P22-201ENST00000478056 241 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RAC1P2-201ENST00000511164 579 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 MRPS36P2-201ENST00000512569 299 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU5E-3P-201ENST00000515913 68 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-772P-201ENST00000516042 105 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 CYCSP26-201ENST00000534107 320 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 MIR3121-201ENST00000579680 77 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 MGA-207ENST00000566586 14439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 FAM214A-216ENST00000619572 3548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNF38-210ENST00000611646 5185 ntTSL 5 BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC103988.1-201ENST00000566382 2177 ntBASIC3.9□□□□□ -1.78
USP4Q13107 CHM-205ENST00000615443 2821 ntTSL 1 (best) BASIC3.9□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-486P-201ENST00000363116 107 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 Y_RNA.120-201ENST00000363304 110 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNA5SP51-201ENST00000364750 119 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNU6-117P-201ENST00000365415 107 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNU6-438P-201ENST00000365561 103 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RPS29P4-201ENST00000414733 161 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 Z82209.1-201ENST00000422141 2135 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AL158147.1-201ENST00000443970 75 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 U3.44-201ENST00000458938 192 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RN7SKP18-201ENST00000516005 275 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 SCARNA17.1-201ENST00000516211 143 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 SCARNA17.2-201ENST00000516334 143 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
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USP4Q13107 AC108081.1-201ENST00000604358 221 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 SNORA62.6-201ENST00000606322 83 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 SCARNA17.4-201ENST00000614296 143 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC006435.5-201ENST00000624486 112 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 LRRN3-203ENST00000422987 3513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 CCDC148-202ENST00000409187 2523 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AP003122.5-201ENST00000527668 3766 ntBASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 FNDC3A-202ENST00000398316 5714 ntTSL 1 (best) BASIC3.9□□□□□ -1.79
USP4Q13107 ROCK1P1-203ENST00000608049 2457 ntTSL 1 (best) BASIC3.89□□□□□ -1.79
USP4Q13107 NDST3-201ENST00000296499 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.89□□□□□ -1.79
USP4Q13107 UACA-202ENST00000379983 4859 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.89□□□□□ -1.79
USP4Q13107 EVI5-208ENST00000540033 7436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.89□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNU6-1240P-201ENST00000365155 104 ntBASIC3.89□□□□□ -1.79
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USP4Q13107 AC106707.2-201ENST00000484182 374 ntBASIC3.89□□□□□ -1.79
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USP4Q13107 AC244205.2-202ENST00000635781 342 ntBASIC3.89□□□□□ -1.79
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USP4Q13107 TET2-204ENST00000413648 4973 ntTSL 1 (best) BASIC3.89□□□□□ -1.79
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USP4Q13107 uc_338.4-201ENST00000616635 176 ntBASIC3.88□□□□□ -1.79
USP4Q13107 U6.95-201ENST00000636931 70 ntBASIC3.88□□□□□ -1.79
USP4Q13107 TRIM36-201ENST00000282369 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.88□□□□□ -1.79
USP4Q13107 MS4A14-202ENST00000395001 3401 ntTSL 5 BASIC3.88□□□□□ -1.79
USP4Q13107 EPS15-202ENST00000371730 4736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.88□□□□□ -1.79
USP4Q13107 LTN1-207ENST00000614971 7756 ntTSL 1 (best) BASIC3.88□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RTKN2-202ENST00000373789 6641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 FIGNL1-201ENST00000356889 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 MTND5P32-201ENST00000560711 1802 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNU6-1298P-201ENST00000362456 101 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 Y_RNA.203-201ENST00000364106 102 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 SNORD18B-201ENST00000365659 72 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNU6-1235P-201ENST00000384559 107 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
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USP4Q13107 AC016909.1-201ENST00000415916 166 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RPL30P4-201ENST00000429309 333 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNU6-498P-201ENST00000459468 107 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNA5SP153-201ENST00000516498 76 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNU6-965P-201ENST00000516721 96 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 MIR2681-201ENST00000581814 105 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AL137849.1-201ENST00000604767 169 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 UCA1.1-201ENST00000620952 75 ntBASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 WDFY3-AS2-202ENST00000451762 5814 ntTSL 3 BASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 ZNF732-201ENST00000419098 2193 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC3.87□□□□□ -1.79
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