Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms