Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS29Q9UBQ0 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms