Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHANK3Q9BYB0 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms