Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms