Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms