Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SPTA1P02549 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.9 ms