| RUNX2 | Q13950 | Y_RNA.128-201 | ENST00000363391 | 112 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNA5SP393-201 | ENST00000363423 | 117 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | Y_RNA.148-201 | ENST00000363557 | 117 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-873P-201 | ENST00000363833 | 107 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | Y_RNA.314-201 | ENST00000365114 | 102 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU1-115P-201 | ENST00000365329 | 160 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | Y_RNA.428-201 | ENST00000384078 | 102 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU1-138P-201 | ENST00000384093 | 164 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MIR625-201 | ENST00000385047 | 85 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | Y_RNA.592-201 | ENST00000410274 | 109 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC009963.1-201 | ENST00000417265 | 157 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MCFD2P1-201 | ENST00000417812 | 300 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC027124.2-201 | ENST00000428249 | 105 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | WARS2P1-201 | ENST00000429678 | 537 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | USP9YP16-201 | ENST00000430287 | 407 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC091133.1-201 | ENST00000435491 | 483 nt | TSL 3 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | LINC01628-201 | ENST00000444266 | 397 nt | TSL 2 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MTCO3P8-201 | ENST00000453691 | 755 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | USP9YP23-201 | ENST00000455085 | 407 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC107032.1-201 | ENST00000485945 | 480 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC012312.1-201 | ENST00000503710 | 527 nt | TSL 2 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | ATP5EP1-201 | ENST00000510257 | 156 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | Y_RNA.661-201 | ENST00000516003 | 99 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-1114P-201 | ENST00000516022 | 107 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNA5SP54-201 | ENST00000516951 | 92 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC023442.3-201 | ENST00000532199 | 495 nt | TSL 2 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MIR5194-201 | ENST00000582634 | 120 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MIR3171-201 | ENST00000584270 | 74 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | LINC01533-205 | ENST00000593056 | 607 nt | TSL 3 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RPL17P51-201 | ENST00000605218 | 238 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC116312.1-201 | ENST00000606841 | 314 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | SNORD58B-201 | ENST00000607313 | 66 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC005562.2-201 | ENST00000618264 | 111 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | COMMD6-213 | ENST00000626103 | 120 nt | TSL 5 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC243829.7-201 | ENST00000633081 | 225 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MIR4272-201 | ENST00000635924 | 64 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MT-ND4-201 | ENST00000361381 | 1378 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | TSGA10-205 | ENST00000410001 | 3036 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | ZNF280D-204 | ENST00000558320 | 3666 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | LCORL-202 | ENST00000382224 | 4984 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | SNORA25.6-201 | ENST00000364121 | 118 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-26P-201 | ENST00000383985 | 107 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MIR1294-201 | ENST00000408503 | 142 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AFDN-AS1-202 | ENST00000417244 | 182 nt | TSL 2 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC096644.2-201 | ENST00000429278 | 159 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | TRBV25OR9-2-201 | ENST00000438417 | 374 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC096638.1-201 | ENST00000444678 | 216 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MTND4P19-201 | ENST00000446659 | 478 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC132942.1-201 | ENST00000486753 | 483 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-1098P-201 | ENST00000516772 | 96 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU7-4P-201 | ENST00000516961 | 62 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RN7SKP295-201 | ENST00000517264 | 153 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC021785.1-201 | ENST00000520780 | 453 nt | TSL 3 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AP003171.1-201 | ENST00000532770 | 266 nt | TSL 2 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC022469.2-201 | ENST00000554759 | 396 nt | TSL 5 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | PTP4A1-204 | ENST00000578299 | 135 nt | TSL 2 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MIR4446-201 | ENST00000578505 | 67 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC092447.9-201 | ENST00000603395 | 144 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | ETDC-201 | ENST00000635820 | 180 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | SAMD9L-201 | ENST00000318238 | 7134 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MDM2-206 | ENST00000350057 | 1401 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | GPR22-201 | ENST00000304402 | 2942 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-234P-201 | ENST00000365229 | 104 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-281P-201 | ENST00000384212 | 103 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | SNORA69.1-201 | ENST00000390904 | 137 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNA5SP508-201 | ENST00000411327 | 119 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | CEP57L1P1-201 | ENST00000430943 | 1201 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC004386.2-201 | ENST00000441858 | 148 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU7-87P-201 | ENST00000459343 | 62 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU1-104P-201 | ENST00000517280 | 175 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | CPSF6-207 | ENST00000551516 | 234 nt | TSL 2 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | PRELID2P1-201 | ENST00000552837 | 301 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC026470.2-201 | ENST00000561492 | 181 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC020910.1-201 | ENST00000599404 | 413 nt | TSL 5 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | Z84484.1-202 | ENST00000612718 | 60 nt | TSL 5 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | TCL6_2.1-201 | ENST00000615162 | 119 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC023490.3-201 | ENST00000621762 | 358 nt | TSL 3 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AP000550.4-201 | ENST00000639507 | 358 nt | TSL 3 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | DENND4A-202 | ENST00000443035 | 8665 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | WWP1-201 | ENST00000265428 | 3362 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | Y_RNA.28-201 | ENST00000362554 | 111 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNA5SP126-201 | ENST00000365092 | 109 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | SNORA22B-201 | ENST00000383876 | 138 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-245P-201 | ENST00000384020 | 107 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-318P-201 | ENST00000384283 | 103 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-541P-201 | ENST00000384709 | 110 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AL359511.1-201 | ENST00000402970 | 211 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNA5SP504-201 | ENST00000410676 | 117 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RN7SKP284-201 | ENST00000411002 | 343 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | SUMO1P4-201 | ENST00000429430 | 302 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AL353680.1-201 | ENST00000433788 | 337 nt | TSL 3 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | LINC01032-201 | ENST00000451690 | 276 nt | TSL 5 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU7-169P-201 | ENST00000459456 | 61 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC116563.1-201 | ENST00000505454 | 396 nt | TSL 3 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | AC010457.1-201 | ENST00000510469 | 458 nt | TSL 3 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | VCAN-AS1-202 | ENST00000513899 | 453 nt | TSL 3 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-1198P-201 | ENST00000516904 | 67 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | RNU6-667P-201 | ENST00000517186 | 102 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | MIR5695-201 | ENST00000579717 | 85 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| RUNX2 | Q13950 | ZNF72P-201 | ENST00000425869 | 1908 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |