Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms