Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
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