Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
MSX1P28360 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
MSX1P28360 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
MSX1P28360 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
MSX1P28360 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
MSX1P28360 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
MSX1P28360 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
MSX1P28360 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
MSX1P28360 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
MSX1P28360 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
MSX1P28360 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
MSX1P28360 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms