Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRERF1Q96PN7 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms