Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 snoU13.6-201ENST00000458785 104 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC016632.1-201ENST00000503994 196 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 LNX1-AS1-203ENST00000511989 488 ntTSL 2 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC015795.1-201ENST00000513669 327 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU6-1282P-201ENST00000516735 96 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC008641.1-201ENST00000523781 248 ntTSL 3 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC087518.1-201ENST00000524098 187 ntTSL 3 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RPS4XP16-203ENST00000596904 698 ntTSL 5 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 MIR6134-201ENST00000617606 109 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 KIAA1524-208ENST00000625495 147 ntTSL 5 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 MMRN1-204ENST00000508372 3234 ntTSL 2 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 MAPK10-235ENST00000638225 8941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 PLCE1-202ENST00000371380 12024 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ADAM29-214ENST00000618444 2949 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ABCA12-201ENST00000272895 9100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL445487.1-201ENST00000415694 1580 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ARHGEF12-202ENST00000397843 9660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ATP13A3-211ENST00000619199 5227 ntTSL 2 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 OR1A1-202ENST00000641322 3743 ntAPPRIS P1 BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 DLX6-AS1-201ENST00000430027 15364 ntTSL 2 BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RC3H1-201ENST00000258349 10988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 ENOX2-202ENST00000370927 3788 ntTSL 1 (best) BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 GPR85-201ENST00000297146 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 WDFY3-201ENST00000295888 14247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNA5SP513-201ENST00000364648 118 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 Y_RNA.435-201ENST00000384095 112 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 FTH1P15-201ENST00000406984 280 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RPL26P27-201ENST00000414397 437 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC138623.1-201ENST00000418060 216 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC006037.1-201ENST00000437967 287 ntTSL 5 BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC069285.2-201ENST00000440210 275 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RPL37P4-201ENST00000448908 268 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC011276.1-201ENST00000469688 323 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AP005660.1-201ENST00000522972 293 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MFAP5-205ENST00000535336 566 ntTSL 4 BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 TMEM106C-220ENST00000552561 810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC118757.1-201ENST00000586982 453 ntTSL 2 BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 BPIFA4P-203ENST00000603168 689 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC108706.1-201ENST00000611053 297 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AP005019.3-201ENST00000620418 560 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL023881.1-201ENST00000621088 301 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 LGALS13-204ENST00000621475 494 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 BMS1P21-201ENST00000634565 365 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL589740.1-204ENST00000634677 630 ntTSL 4 BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 HELLS-201ENST00000239026 2740 ntTSL 5 BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 ZNF204P-201ENST00000416749 2397 ntBASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 ECT2-204ENST00000392692 4158 ntTSL 1 (best) BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 KIF3A-203ENST00000403231 2181 ntTSL 2 BASIC4.77□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RBBP8P1-201ENST00000449447 1844 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MAP3K19-201ENST00000358371 3719 ntTSL 1 (best) BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MGAT4A-204ENST00000414521 3709 ntTSL 2 BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 DHX9P1-201ENST00000436565 3076 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 OR8K3-203ENST00000641662 2438 ntAPPRIS P1 BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MPDZ-211ENST00000536827 6176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MALRD1-204ENST00000454679 6880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNU1-108P-201ENST00000362556 161 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNA5SP197-201ENST00000363357 119 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SNORD115-8-201ENST00000363856 82 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNU6-884P-201ENST00000363889 107 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 Y_RNA.262-201ENST00000364641 102 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SNORD115-38-201ENST00000365037 82 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SDHCP2-201ENST00000398565 501 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC092660.1-201ENST00000420648 371 ntTSL 2 BASIC4.76□□□□□ -1.65
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USP4Q13107 RPS26P2-201ENST00000440331 348 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC007099.2-201ENST00000444852 336 ntTSL 5 BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AP000844.1-201ENST00000446631 577 ntTSL 3 BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RPL30P5-201ENST00000494923 336 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
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USP4Q13107 RGS5-206ENST00000527988 373 ntTSL 1 (best) BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 C6orf10-207ENST00000533191 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.76□□□□□ -1.65
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USP4Q13107 RDM1-215ENST00000612980 501 ntTSL 1 (best) BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC084757.4-201ENST00000616350 526 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL136164.3-201ENST00000624429 3978 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC048347.1-201ENST00000624621 427 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MIR6830-201ENST00000636015 70 ntBASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 U2SURP-214ENST00000493598 3491 ntTSL 5 BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 FAM111B-202ENST00000411426 3344 ntTSL 4 BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MTTP-201ENST00000265517 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 CNTRL-201ENST00000238341 7431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 HTR2B-201ENST00000258400 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.76□□□□□ -1.65
USP4Q13107 ADGRG7-202ENST00000475887 2035 ntTSL 2 BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 STON1-GTF2A1L-204ENST00000405008 3821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RAP1B-201ENST00000250559 13438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SNCA-AS1-201ENST00000501215 2646 ntTSL 2 BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC016588.2-201ENST00000632484 3021 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 Y_RNA.217-201ENST00000364214 105 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SNORA7.2-201ENST00000364446 145 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNU6-1141P-201ENST00000364520 107 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNU4-56P-201ENST00000364700 142 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SNORA72.2-201ENST00000365028 127 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL357500.1-201ENST00000413004 279 ntTSL 3 BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL356387.2-201ENST00000422272 243 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC069023.1-201ENST00000442231 221 ntTSL 3 BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 HMGB3P8-201ENST00000449709 577 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC005042.3-201ENST00000453230 174 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 Y_RNA.641-201ENST00000459414 105 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
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