Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms