Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms