Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
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