Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms