Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 LINC01584-202ENST00000563990 852 ntTSL 3 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC025272.1-201ENST00000569661 483 ntTSL 2 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC120057.2-201ENST00000571520 271 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC011476.5-201ENST00000615594 130 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SLC10A7-203ENST00000432059 3747 ntTSL 1 (best) BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 BX088651.2-201ENST00000425493 3614 ntTSL 2 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 A1CF-205ENST00000374001 9221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 IREB2-201ENST00000258886 6354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 OR4S2-202ENST00000641692 2211 ntAPPRIS P1 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 OBSCN-210ENST00000570156 26925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 TTC3-204ENST00000399017 10363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 YWHAZ-201ENST00000353245 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ZNF678-202ENST00000397097 8212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MS4A1-207ENST00000532073 2560 ntTSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ZFP14-201ENST00000270001 7489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 PRG4-206ENST00000635041 4915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 USP8-204ENST00000425032 3559 ntTSL 2 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SNX16-212ENST00000615066 1918 ntTSL 5 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC015813.6-201ENST00000624409 5808 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 KLHL13-203ENST00000371878 3234 ntTSL 2 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 LINC02232-201ENST00000509932 4079 ntTSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 FAM184A-204ENST00000368475 3392 ntTSL 2 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MIR34A-201ENST00000385130 110 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 TRAV9-2-201ENST00000390441 394 ntAPPRIS P1 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNA5SP113-201ENST00000410486 84 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC239803.1-203ENST00000411978 452 ntTSL 2 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC006369.1-201ENST00000419425 548 ntTSL 3 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AP000235.1-201ENST00000424017 479 ntTSL 3 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC007560.1-201ENST00000426912 237 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RPL7P49-201ENST00000471402 708 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ENSA-210ENST00000503241 574 ntTSL 3 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 LINC02230-201ENST00000511174 301 ntTSL 5 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC010451.3-201ENST00000511721 444 ntTSL 3 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SCARNA15.2-201ENST00000516409 127 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNA5SP290-201ENST00000517133 127 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AF186190.1-201ENST00000517470 480 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC091163.1-201ENST00000524012 605 ntTSL 4 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC010186.2-204ENST00000537668 439 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL031600.2-201ENST00000563223 307 ntTSL 5 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MIR4659A-201ENST00000580269 81 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MIR4270-201ENST00000581799 70 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC234771.5-201ENST00000600161 514 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC131238.1-201ENST00000617135 328 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 GYPB-216ENST00000638448 363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 CASC1-204ENST00000395990 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 CNGA1-209ENST00000544810 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MFSD8-216ENST00000641147 4009 ntBASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 OR5AU1-203ENST00000641697 7755 ntAPPRIS P1 BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 EIF2AK3-203ENST00000419748 4222 ntTSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.58
USP4Q13107 OR10K1-203ENST00000641432 3775 ntAPPRIS P1 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 DNAH8-201ENST00000327475 14360 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 STIL-204ENST00000396221 4558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 IQGAP2-203ENST00000396234 3376 ntTSL 1 (best) BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 PCDH15-214ENST00000395446 3948 ntTSL 5 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 LIMA1-214ENST00000552783 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.18□□□□□ -1.58
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USP4Q13107 MIR548I2-201ENST00000408348 149 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 LINC02331-201ENST00000418927 602 ntTSL 5 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC245028.1-201ENST00000423259 256 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC009478.1-201ENST00000429816 562 ntTSL 3 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RPS6P12-201ENST00000432491 726 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 OR4C10P-201ENST00000434991 931 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC062032.1-201ENST00000436245 355 ntTSL 5 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 PTMAP3-201ENST00000447474 330 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 TOMM22P6-201ENST00000465035 409 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
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USP4Q13107 AP002392.1-201ENST00000537692 208 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 CBX3P4-201ENST00000538909 354 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MDM2-232ENST00000544561 213 ntTSL 5 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 PCED1B-AS1-208ENST00000551898 359 ntTSL 3 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC006349.1-201ENST00000555526 235 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC091042.1-201ENST00000579213 173 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SPTY2D1-AS1-204ENST00000634992 373 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 XKR4-201ENST00000327381 19880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MS4A1-202ENST00000389939 3372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 NKRF-202ENST00000371527 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 CAB39L-206ENST00000410043 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC063976.2-201ENST00000425667 3556 ntBASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 WDR72-202ENST00000396328 7507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 LINC02532-209ENST00000602934 2464 ntTSL 2 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 PEAK1-204ENST00000560626 19217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MYNN-203ENST00000544106 4815 ntTSL 1 (best) BASIC5.18□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ZNF681-201ENST00000402377 6497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ABCB5-202ENST00000404938 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 KIAA1456-203ENST00000524591 9587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ANK2-202ENST00000357077 14196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ASNSP1-201ENST00000518311 1939 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SCN1A-201ENST00000303395 8533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MIS12-201ENST00000381165 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 C4orf17-204ENST00000514652 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.17□□□□□ -1.58
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