Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MT-ND1-201ENST00000361390 956 ntAPPRIS P1 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RNVU1-6-201ENST00000364688 164 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 IGLJ6-201ENST00000390328 70 ntAPPRIS P1 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MIR1298-201ENST00000408783 112 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 Y_RNA.793-201ENST00000411222 111 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 TMEM167AP1-201ENST00000423409 219 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AL591043.1-201ENST00000432461 424 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC009963.2-201ENST00000453431 138 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC034236.1-201ENST00000469891 373 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC137770.1-201ENST00000504620 530 ntTSL 3 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 SDCBP-207ENST00000520168 1097 ntTSL 2 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC004024.1-201ENST00000549244 247 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 HNRNPCP4-201ENST00000571636 900 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 FAM60BP-201ENST00000578364 658 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MIR4527HG-203ENST00000600127 704 ntTSL 5 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LINC00310-206ENST00000609947 892 ntTSL 5 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MIR6839-201ENST00000620425 113 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC127459.3-201ENST00000624328 466 ntBASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LINC01748-204ENST00000635048 5678 ntTSL 5 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LZTFL1-216ENST00000539217 4113 ntTSL 2 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MDM2-206ENST00000350057 1401 ntTSL 1 (best) BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 CASC1-202ENST00000354189 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AHNAK-202ENST00000378024 18787 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 ELAVL4-203ENST00000371821 3349 ntTSL 5 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 ATRX-201ENST00000373344 11220 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 SYT14-206ENST00000537238 5208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 CCDC91-201ENST00000381259 2334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AP000808.1-201ENST00000512200 3252 ntTSL 2 BASIC5.28□□□□□ -1.56
USP4Q13107 FLJ46284-201ENST00000504861 3421 ntTSL 2 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RAD17-203ENST00000345306 2789 ntTSL 1 (best) BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 KANSL1L-209ENST00000457374 2264 ntTSL 2 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AGTR1-206ENST00000474935 1795 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PRKACB-201ENST00000370680 1914 ntTSL 1 (best) BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SNORD14B-201ENST00000364533 90 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU6-187P-201ENST00000384139 106 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU6-662P-201ENST00000384253 104 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 TRAJ4-201ENST00000390533 63 ntAPPRIS P1 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PCNPP3-201ENST00000393579 471 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL022722.2-201ENST00000402519 180 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU2-20P-201ENST00000410425 191 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.623-201ENST00000411128 95 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL592466.1-201ENST00000428346 307 ntTSL 5 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL139819.1-201ENST00000429420 471 ntTSL 3 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 BX323845.1-201ENST00000432417 179 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC016292.1-201ENST00000438344 235 ntTSL 3 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC092059.1-201ENST00000485347 429 ntTSL 3 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC108145.1-201ENST00000503770 153 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 FAM222A-AS1-202ENST00000541460 751 ntTSL 4 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 LDHAL6CP-202ENST00000550738 3224 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MIR3133-201ENST00000583157 78 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNF138P2-201ENST00000603490 592 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MACROD2-IT1-202ENST00000605675 575 ntTSL 5 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 KAT6B-201ENST00000287239 8287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SEC31A-209ENST00000500777 3610 ntTSL 5 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MYO3A-203ENST00000376302 2723 ntTSL 1 (best) BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ZBTB38-220ENST00000514251 7683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC090971.4-201ENST00000560291 1800 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ZC3H12B-201ENST00000338957 7256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MAPK10-263ENST00000641052 4307 ntBASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PIK3C3-201ENST00000262039 9443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.27□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ASB14-202ENST00000487349 3179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AKAP9-201ENST00000356239 12471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 CSPP1-201ENST00000262210 4367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ZNF704-201ENST00000327835 14386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 C1orf141-208ENST00000621590 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 BAZ2B-203ENST00000392782 8058 ntTSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 DAZ4-207ENST00000634662 1832 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 OR2D2-201ENST00000299459 1110 ntAPPRIS P1 BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU6-428P-201ENST00000362942 107 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.83-201ENST00000363005 113 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RN7SKP113-201ENST00000363891 295 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 C1orf54-201ENST00000369098 418 ntTSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 OR51I1-201ENST00000380211 945 ntAPPRIS P1 BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SNORA56-201ENST00000383966 129 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MIR10A-201ENST00000385043 110 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 LINC00302-201ENST00000444515 302 ntTSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 KIAA0895-209ENST00000453212 956 ntTSL 3 BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.644-201ENST00000459006 113 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RPS29P27-201ENST00000463711 170 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RPL21P13-201ENST00000488305 481 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RPS23P5-201ENST00000495419 428 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.674-201ENST00000516362 113 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU4-60P-201ENST00000517239 135 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 KIRREL3-AS2-201ENST00000532988 492 ntTSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AP002770.2-201ENST00000543613 532 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC104581.2-201ENST00000572227 430 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MIR4458-201ENST00000578872 75 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MIR4737-201ENST00000583979 81 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL139395.1-201ENST00000603662 160 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.772-201ENST00000606692 102 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 CENPF-206ENST00000614578 528 ntTSL 5 BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC090617.7-201ENST00000623952 126 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 NUP155-202ENST00000381843 4200 ntTSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PLEKHG7-203ENST00000638590 3267 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ZCCHC7-202ENST00000336755 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ZRANB3-201ENST00000264159 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 LCMT1-AS2-202ENST00000565214 5666 ntBASIC5.26□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ZNF479-201ENST00000319636 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MUC2-202ENST00000613187 4845 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ZNF560-201ENST00000301480 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.25□□□□□ -1.57
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