Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC112Q8NEF3 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms