Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VAMP4O75379 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VAMP4O75379 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms