Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms