Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
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