Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN4AP35499 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN4AP35499 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms