Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MIR4273-201ENST00000582824 84 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC011473.2-201ENST00000596286 240 ntTSL 3 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC012669.1-201ENST00000603209 283 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MIR15A-201ENST00000607334 83 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC096772.1-201ENST00000609146 564 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 COA1-220ENST00000640232 192 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 ZNF189-201ENST00000259395 3115 ntTSL 1 (best) BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 ZNF347-202ENST00000452676 4553 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 KYAT3-203ENST00000370491 1868 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 DAZ4-205ENST00000440066 1891 ntTSL 5 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC092747.4-201ENST00000620519 1861 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 CDC23-202ENST00000394886 3155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 USP15-201ENST00000280377 4748 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 EPHA3-202ENST00000452448 2546 ntTSL 1 (best) BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 GBE1-205ENST00000489715 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 FILIP1-203ENST00000393004 7807 ntTSL 1 (best) BASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MFAP1-201ENST00000267812 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SLCO1A2-212ENST00000458504 2008 ntTSL 2 BASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MBNL3-201ENST00000370839 1575 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SEC31A-204ENST00000355196 4104 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 Y_RNA.276-201ENST00000364732 109 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-806P-201ENST00000365147 105 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL138885.1-201ENST00000405921 675 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MTERF4-204ENST00000406593 802 ntTSL 2 BASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-174P-201ENST00000410406 106 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RPL7P2-201ENST00000427639 268 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RPL39P38-201ENST00000467018 153 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC069499.1-201ENST00000489433 509 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC093852.1-201ENST00000503587 266 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 GLUD1P3-202ENST00000508551 200 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SNORA25.11-201ENST00000515935 105 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNA5SP230-201ENST00000517039 122 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AP001266.2-201ENST00000534505 464 ntTSL 4 BASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 DIAPH2-AS1-203ENST00000542084 450 ntTSL 5 BASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC006600.1-201ENST00000572529 153 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 U6.104-201ENST00000637979 90 ntBASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 DDX58-201ENST00000379868 4089 ntTSL 5 BASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 UEVLD-208ENST00000535484 1963 ntTSL 2 BASIC5.69□□□□□ -1.5
USP4Q13107 C9orf153-204ENST00000613665 1738 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC5.68□□□□□ -1.5
USP4Q13107 IGF1-202ENST00000337514 7359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MYBPC1-202ENST00000361685 3871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
USP4Q13107 CPNE8-202ENST00000360449 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.68□□□□□ -1.5
USP4Q13107 PTPRZ1-201ENST00000393386 8175 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL353751.1-201ENST00000354541 495 ntTSL 3 BASIC5.68□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 Y_RNA.551-201ENST00000384661 102 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 SMIM24-204ENST00000591708 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.68□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 DYNC1I2-225ENST00000508530 2494 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 CCDC121-201ENST00000324364 2342 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
USP4Q13107 DGKH-206ENST00000536612 3957 ntTSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MUC17-201ENST00000306151 14247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 C3orf67-AS1-202ENST00000482372 2203 ntTSL 2 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SAMSN1-206ENST00000619120 2028 ntTSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 XRCC4-205ENST00000511817 1636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 ATF2-202ENST00000345739 4079 ntTSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RANBP3L-201ENST00000296604 3104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 CBX5-201ENST00000209875 11528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SPAM1-202ENST00000340011 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 Y_RNA.19-201ENST00000362462 99 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 U8.4-201ENST00000363626 134 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-596P-201ENST00000365395 98 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-146P-201ENST00000384602 108 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL590609.3-201ENST00000411815 210 ntTSL 3 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 ELF3-AS1-201ENST00000415582 500 ntTSL 2 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SSXP9-201ENST00000417503 292 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL138760.1-201ENST00000423283 435 ntTSL 3 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC016712.1-201ENST00000431088 378 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MTND5P15-201ENST00000434246 349 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL157937.1-201ENST00000435092 443 ntTSL 3 BASIC5.67□□□□□ -1.5
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