Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 LINC01038-201ENST00000457858 428 ntTSL 3 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC046136.1-201ENST00000459855 533 ntTSL 3 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 RPS17P2-201ENST00000461663 408 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 RPL12P20-201ENST00000475538 479 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 LINC02112-202ENST00000512976 464 ntTSL 3 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC126768.3-201ENST00000514519 560 ntTSL 4 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 RPL23AP53-201ENST00000521854 457 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC091944.1-201ENST00000521984 449 ntTSL 3 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MS4A7-208ENST00000530234 730 ntTSL 3 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC026765.1-201ENST00000547876 435 ntTSL 3 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL132780.1-201ENST00000548819 556 ntTSL 4 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MIR4277-201ENST00000578298 84 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MIR4458-201ENST00000578872 75 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC098848.1-201ENST00000588466 567 ntTSL 4 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC005498.1-201ENST00000592125 465 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL022099.1-201ENST00000604551 712 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 FAM27B-201ENST00000610601 213 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC099669.2-201ENST00000616549 437 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 uc_338.34-201ENST00000617467 174 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC243312.2-201ENST00000623340 601 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 PTCD2-202ENST00000380639 11151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 LINC01689-201ENST00000416218 2007 ntTSL 1 (best) BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC092329.3-201ENST00000611392 1904 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL731566.1-201ENST00000620490 1937 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 C9orf72-203ENST00000380003 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 GALNT11-203ENST00000422997 2371 ntTSL 5 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC008079.2-201ENST00000623543 20396 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC099792.1-203ENST00000634701 2183 ntTSL 5 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 OR4E1-202ENST00000641792 3742 ntAPPRIS P5 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL731532.2-201ENST00000623542 1953 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 DICER1-212ENST00000541352 5621 ntTSL 1 (best) BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL645937.1-201ENST00000641739 1652 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 API5P2-201ENST00000397055 1498 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AP004289.2-201ENST00000444413 1457 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 PIK3C3-217ENST00000639914 2722 ntTSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 RALGAPA1-204ENST00000553892 6271 ntTSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 ATXN3L-201ENST00000380622 2164 ntAPPRIS P1 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 HSP90AA5P-201ENST00000438353 2192 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MTND4P14-201ENST00000435799 1354 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 R3HDM1-201ENST00000264160 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MDM2-205ENST00000348801 798 ntTSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 UBBP2-201ENST00000376781 231 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 TRAV24-201ENST00000390453 343 ntAPPRIS P1 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MDM2-210ENST00000393413 657 ntTSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 UBE2V1P2-201ENST00000397758 440 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 RN7SKP106-201ENST00000410832 272 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL078645.1-201ENST00000414377 423 ntTSL 3 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL451054.2-201ENST00000420896 202 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC093106.2-201ENST00000428212 385 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL591178.1-201ENST00000439239 454 ntTSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 TBX18-AS1-202ENST00000441863 382 ntTSL 2 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC091153.1-201ENST00000466297 402 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 LINC02438-201ENST00000505347 641 ntTSL 3 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 SLC7A11-AS1-201ENST00000510066 817 ntTSL 2 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC098591.2-201ENST00000510152 315 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC069272.1-201ENST00000514843 680 ntTSL 3 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MYL12AP1-201ENST00000518490 515 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AF117829.1-204ENST00000519854 284 ntTSL 3 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MTND4P7-201ENST00000523876 130 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC006206.2-202ENST00000537714 648 ntTSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MDM2-233ENST00000545204 398 ntTSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC024909.1-201ENST00000549278 599 ntTSL 4 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL442663.2-201ENST00000554385 511 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL118558.2-201ENST00000556294 238 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC012409.1-201ENST00000560176 358 ntTSL 3 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 LLPHP1-201ENST00000603571 367 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 IGHV3-29-201ENST00000604817 344 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL022345.1-201ENST00000607292 135 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC022017.1-201ENST00000608793 559 ntTSL 4 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC104237.2-201ENST00000612456 443 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL022401.1-201ENST00000619498 108 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 XIST-204ENST00000429829 19275 ntTSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 CSMD3-204ENST00000455883 12485 ntTSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 VPS13D-213ENST00000613099 16245 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 EMCN-201ENST00000296420 4037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC000123.3-201ENST00000624029 4975 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 ZNF678-202ENST00000397097 8212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL137003.2-201ENST00000606924 2538 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 SDC2-204ENST00000519914 1318 ntTSL 2 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 EIF2AK2-201ENST00000233057 10042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 SYT14-206ENST00000537238 5208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 FANCD2-202ENST00000383807 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 LUZP2-207ENST00000533227 5016 ntTSL 1 (best) BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC011900.1-201ENST00000446838 2999 ntTSL 1 (best) BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 HEATR5A-203ENST00000543095 7840 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 APAF1-209ENST00000550527 6581 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MTRNR2L7-201ENST00000544824 1535 ntAPPRIS P1 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL590240.1-201ENST00000334118 313 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 Y_RNA.67-201ENST00000362870 100 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 BANF2-202ENST00000377805 444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 RNU6-1227P-201ENST00000383981 107 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 Y_RNA.530-201ENST00000384587 101 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL080315.1-201ENST00000406055 466 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MIR1302-11-201ENST00000408051 138 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MIR1302-9-201ENST00000408365 138 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 MIR1302-10-201ENST00000408734 138 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 BX323014.1-201ENST00000412876 237 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL022329.2-201ENST00000413494 660 ntTSL 5 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AC114755.2-201ENST00000413520 361 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP53Q70EK8 AL354751.2-201ENST00000415471 210 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.1 ms