Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RUVBL2-214ENST00000640699 153 ntTSL 5 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 GVQW2-203ENST00000641401 327 ntAPPRIS P1 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ZNF33A-202ENST00000374618 6122 ntTSL 4 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ZNF72P-201ENST00000425869 1908 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 SLC26A7-208ENST00000523719 2902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 MYBPC1-216ENST00000550270 3426 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 TMEM99-201ENST00000301665 2058 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 GPX8-201ENST00000296734 3245 ntTSL 1 (best) BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 IPO11-203ENST00000409534 1725 ntTSL 2 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC016705.1-201ENST00000548231 1891 ntTSL 5 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 LRRN3-204ENST00000451085 3725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ZNF92-203ENST00000431504 2947 ntTSL 1 (best) BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 PTPRO-210ENST00000544244 3978 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 TOPBP1-201ENST00000260810 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 OR8J2-201ENST00000641465 2883 ntAPPRIS P1 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 LRP1B-201ENST00000389484 16535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 CHM-201ENST00000357749 5442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ORC4-215ENST00000536575 6328 ntTSL 2 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RNU1-19P-201ENST00000363306 165 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RNU6-1303P-201ENST00000364841 107 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 TRGV5-201ENST00000390344 552 ntAPPRIS P1 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RNU6-821P-201ENST00000390995 107 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 SPTLC1P2-201ENST00000407089 121 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 PPP3R1-202ENST00000409377 684 ntTSL 3 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 LINC01204-201ENST00000422047 639 ntTSL 3 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 CRIP1P1-201ENST00000427567 185 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 FTLP19-201ENST00000433300 394 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC099670.2-201ENST00000435130 321 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC133473.1-201ENST00000455173 299 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RN7SL610P-201ENST00000463845 291 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC010683.1-201ENST00000473673 378 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC011005.2-201ENST00000487324 359 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC080013.1-206ENST00000496842 712 ntTSL 2 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC091180.4-201ENST00000511322 245 ntTSL 2 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC106894.1-201ENST00000511735 451 ntTSL 5 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RNU6-352P-201ENST00000516908 107 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 MDM2-221ENST00000517852 393 ntTSL 1 (best) BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC009435.1-201ENST00000519555 574 ntTSL 4 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AP005436.2-201ENST00000528458 252 ntTSL 5 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL049775.2-201ENST00000557547 558 ntTSL 4 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 MIR3128-201ENST00000581957 66 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC006272.2-201ENST00000594725 163 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 CDC42EP3P1-201ENST00000601004 764 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC024075.3-201ENST00000601687 453 ntTSL 5 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC011626.1-201ENST00000604710 562 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ELOCP5-201ENST00000604924 333 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC000068.2-201ENST00000608816 460 ntBASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 DNAJC16-210ENST00000616884 5882 ntTSL 1 (best) BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 SASS6-201ENST00000287482 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ANK3-201ENST00000280772 16874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 NDUFAF4-201ENST00000316149 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 INO80D-201ENST00000403263 14136 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.78□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC011912.1-201ENST00000623483 5819 ntTSL 1 (best) BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 GHR-207ENST00000537449 4419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ASAH2-202ENST00000395526 6880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 TRPC4-202ENST00000355779 2784 ntTSL 1 (best) BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 PNPLA4-203ENST00000444736 2752 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNA5SP335-201ENST00000363817 110 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MT-TW-201ENST00000387382 68 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU1-77P-201ENST00000390868 162 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SYF2P2-201ENST00000417620 583 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CYCSP10-201ENST00000417973 294 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL356010.2-201ENST00000422844 197 ntTSL 3 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL160275.3-201ENST00000423876 471 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 LAMTOR3P1-201ENST00000428620 370 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CYCSP6-201ENST00000434498 302 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL031274.1-201ENST00000450334 232 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CHEK2P4-201ENST00000450340 246 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 IGHV5-78-201ENST00000450948 295 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AP001439.1-201ENST00000455275 392 ntTSL 2 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC022447.4-201ENST00000504053 364 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 IGHVII-44-2-201ENST00000517728 250 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AZIN1-AS1-203ENST00000517996 756 ntTSL 3 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC022690.2-201ENST00000525673 589 ntTSL 3 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC040926.1-201ENST00000530195 238 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC126177.5-201ENST00000549599 178 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC025580.2-202ENST00000558536 715 ntTSL 3 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC067852.3-201ENST00000589177 561 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 HMGB1P50-201ENST00000605814 607 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 HMGN2P28-201ENST00000606102 262 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL356056.1-205ENST00000608904 651 ntTSL 5 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC103858.2-201ENST00000621471 543 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR6730-201ENST00000622213 67 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR4272-201ENST00000635924 64 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL596275.2-204ENST00000641628 552 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL596275.2-206ENST00000641957 626 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MATR3-228ENST00000620916 3134 ntTSL 5 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SYTL2-204ENST00000389958 1943 ntTSL 2 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 TRPM3-209ENST00000377110 12258 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 PCAT14-202ENST00000627127 3935 ntBASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 D21S2088E-201ENST00000262354 1725 ntTSL 1 (best) BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC007557.3-201ENST00000418591 3135 ntTSL 2 BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 LINC01541-202ENST00000568095 3105 ntTSL 1 (best) BASIC5.77□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ZNF493-203ENST00000392288 5023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 TRPC4-205ENST00000379679 2475 ntTSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 DENND4A-201ENST00000431932 5875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 PSMA4-201ENST00000044462 4411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC006145.1-201ENST00000439234 2651 ntTSL 2 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 DEUP1-202ENST00000525646 1920 ntTSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 OR9Q2-202ENST00000641291 3774 ntAPPRIS P1 BASIC5.76□□□□□ -1.49
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