Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC18.1■□□□□ 0.49
ATG4BQ9Y4P1 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms