Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms