Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC19.52■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms