Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms