Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RFX3P48380 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
RFX3P48380 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
RFX3P48380 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
RFX3P48380 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
RFX3P48380 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
RFX3P48380 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RFX3P48380 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
RFX3P48380 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RFX3P48380 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.5 ms