Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC9P31274 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms